鳥類與獸腳類恐龍有著密切的親緣關(guān)系的觀點(diǎn)提出后，引起了很大的爭議。有人認(rèn)為，巨齒龍和鴕鳥后肢的相似性是因?yàn)檫@兩種動物都是大體型的兩足動物，是他們具有相似的使用下肢的方式形成的。 后來，直到上世紀(jì)初，由于在獸腳類恐龍身上都沒有發(fā)現(xiàn)鎖骨，所以有人又認(rèn)為獸腳類恐龍顯然缺乏鎖骨，而鳥類不僅有鎖骨，而且左右兩根鎖骨已融合成一塊叉骨，所以，獸腳類恐龍不可能進(jìn)化成鳥類。由于其它爬行動物有鎖骨，所以提出鳥類的祖先一定是由一種更為古老而有鎖骨的爬行動物進(jìn)化而來的，因?yàn)楦鶕?jù)生物進(jìn)化理論中的不可逆性，獸腳類失去了的鎖骨不可能在進(jìn)化過程中重新獲得。 可在20世紀(jì)20年代和30年代，新的發(fā)現(xiàn)逐步推翻了獸腳類恐龍沒有鎖骨的觀點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)在一些小型的獸腳類恐龍的遺骸中保存有完整的鎖骨。20世紀(jì)60年代末，美國耶魯大學(xué)的古生物學(xué)家約翰.H.奧斯特龍描述了屬于獸腳類的恐爪龍的骨骼解剖特征。這是一種有鐮刀形爪子的食肉恐龍，體形約有青年人大小，大約生活在1.15億年前白堊紀(jì)早期的美國蒙大拿州。70年代，奧斯特龍發(fā)表了一系列論著，找出了鑒別鳥類（包括始祖鳥）和恐龍，以及其它獸腳類恐龍都有而別的爬行動物卻沒有的一組特征。基于上述研究結(jié)果，他得出結(jié)論說，鳥類直接起源于小型的獸足類恐龍。 緊接著八十年代，有科學(xué)家將奧斯特龍的比較特征及其它許多特征用新的生物系統(tǒng)分類方法——分枝系統(tǒng)法，對鳥類、恐龍及與之有親緣關(guān)系的爬行動物進(jìn)行研究，得出了與奧斯特龍同樣的結(jié)論：鳥類起源于小型的獸腳類恐龍。